少數新生兒接種卡介苗後，便引發腋下淋巴發炎化膿等副作用，偶有零星個案出現骨髓炎及軟組織腫塊等嚴重後遺症，讓不少家長對卡介苗接種產生疑慮。小兒科醫師提醒，卡介苗仍是目前預防幼兒罹患肺結核腦炎重症的最有效方式，雖然接種可能引起副作用，但機率僅百萬分之10，尚在可容許範圍內。
疾病管制署從民國78年起，成立預防接種受害救濟審議委員會（VICP），由專家審議疫苗接種申訴案件。據疾管署統計，國內預防接種受害救濟給付案前五名，第一名就是卡介苗，其次分別為新型流感疫苗，季節流感疫苗、白喉、破傷風、百日咳混合疫苗以及肺炎鏈球菌23價疫苗。
由於少數新生兒施打卡介苗後，出現腋下淋巴發炎副作用，加上成年後，疫苗效價會逐漸消失，仍可能罹患結核病，因此，不少家長認為是否乾脆不施打，免得打出問題。台大醫院小兒感染科主任黃立民醫師強調，「即使有一點風險，還是應該要施打」。
黃立民醫師指出，卡介苗是目前預防幼兒罹患肺結核腦炎重症的最有效方式，雖然臨床顯示接種後有百萬分之10機率，會引起淋巴結及骨頭發炎，但仍在可容許範圍內。許多家長以為寶寶都待在家裡，不會感染病菌，但事實上大人從戶外帶回家裡的病菌難防，寶寶一樣可能受病菌侵襲。
國內醫界多次討論是否廢除卡介苗，但依世界衛生組織規定，欲廢除卡介苗，必須達到全國痰中結核菌陽性率須小於十萬分之五、近五年內五歲以下幼兒罹患結核病腦膜炎的機率須低於千萬分之一的標準。衛生福利部副次長林奏延提到，目前國內陽性率為十萬分之19.6，每年約新增七名個案，尚未到廢除的時機。
至於衛生單位在兒童和孕婦的健康手冊中，加註了接種卡介苗可能引起骨髓炎與軟組織硬塊等警語，引起家長擔憂。林奏延則強調，疫苗是新生兒最有效的預防疾病方式，雖然或多或少有些副作用，但家長仍應讓寶寶按時接種常規疫苗。
