為了提升國內口腔醫療服務品質，經過2年規劃，衛生署即將從99年7月1日正式推動實施「二年期牙醫師畢業後一般醫學訓練計畫」，未來畢業牙醫師，都要經過2年嚴謹臨床訓練，才可獨立開業。
目前牙科畢業生可以選擇在全國1萬家牙科診所，或是設有牙科的醫療院所接受兩年培訓，但衛生署並無規範相關訓練內容，任何一家牙科診所都能培訓新進牙醫師，只要期滿兩年，就能自行至外開業。
衛生署醫事處指出，這項計畫係委託財團法人醫院評鑑暨醫療品質策進會邀集牙醫學專家學者，共同擬訂，透過嚴格授課內容，及特定通過審核的醫療機構的培訓，可提昇全國牙醫醫療服務品質。
經過審核之後，目前國內共有200多家診所、醫療院所取得衛生署認證，准予執行訓練計畫。在訓練過程中，希望牙醫師在治療牙齒時，不能只有「看到」牙齒，而是要以「全人治療」角度，「看到」整個病人全部。
根據調查統計，國內每年約有350名牙醫系畢業生。而依照醫療法第18條規定，醫師須有2年臨床實務訓練，始可擔任負責醫師。目前牙醫系學生畢業後大約有一半前往診所接受訓練，一半前往教學醫院訓練。
不過，今年牙科畢業生如想自行開業，可得經過一連串的教育訓練課程，其中包括68小時基本課程，內含醫學倫理、醫事法律、感染控制與廢棄物處理、衛生政策、急救訓練、病人安全等等。
另外，還需1個月必修核心課程，包括一般牙科全人治療訓練、社區牙醫學、口腔顎面外科及急症之處理訓練；6個月選修課程，包含牙周病學、牙髓病學、補綴學、牙體復形學等9大專科。
與現行制度最大不同，在2年訓練期間，受訓的牙醫師還需前往學校、社區、偏遠地區及身心障礙者養護機構，提供口腔衛教、義診、口腔檢查與疾病篩檢等服務。
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